江戸時代から明治時代にかけて、神田を流れる神田川は米穀類をはじめとする様々な物資を運搬する水路として賑わっていた。
そんな神田川の河岸のほとり神田佐久間町に居た「佐志田長兵衛」は「米糠（ぬか）」で肥料を造り販売する肥料商として商いを始めた。時としてその米糠から油や石鹸・洗剤を製造しようと試みたこともあったという（ちなみに当社の屋号は長兵衛からきている）。
やがて時代は明治から大正に変わり、交通システムとして鉄道網が広がり始めた。大正14年には秋葉原－神田間に山手線が開通した。その後しばらくして、神田須田町の山手線の高架下スペースを利用し物資の保管業務を始めた。それが「佐志田倉庫」の始まりである。
そして昭和に入り、昭和11年に合資会社を設立。終戦直後、戦禍を逃れた高架下スペースに戦後復興を遂げるための物資・物品を保管、昭和24年には改組し「株式会社」としてスタートした。
戦後の混乱から脱し、高度成長を続ける日本と共に、昭和30年代には吉良邸跡周辺に両国営業所を開設。昭和40年代には「幕府の貯木場」と呼ばれた猿江貯木場（現在の猿江恩賜公園）前に錦糸町営業所を開設した。
平成6年には創業の地「神田須田町」に本社屋が完成し、現在は都内と埼玉県の7か所に拠点を構え、今日に至っている。
